Immer wieder war es durch die weitreichenden Zustimmungsbefugnisse der Länder an Bundesgesetzen zu Verzögerungen oder Verhinderung von Gesetzen gekommen, vor allem im Fall von unterschiedlichen politischen Mehrheiten in Bundestag und Bundesrat. Durch die Verringerung zustimmungspflichtiger Gesetze sollte eine Föderalismusreform die institutionelle Verflechtung bei der Gesetzgebung "entflechten".
Als Folge der beschlossenen Föderalismusreform erhalten die Länder seit dem 1. September 2006 mehr eigene Kompetenzen. Künftig können sie von Bundesregelungen abweichen, beispielsweise in den Bereichen Hochschul- und Umweltrecht. Die Eckpunkte der Föderalismusreform: Die Zahl der Bundesgesetze, die der Zustimmung des Bundesrates bedürfen, verringern sich. Zuständigkeiten wie das Besoldungsrecht für Landesbeamte und die soziale Wohnraumförderung werden auf die Länder verlagert. Die Länder sind überdies für Strafvollzug, Versammlungsrecht, Heimrecht und Ladenschluss zuständig. Atomenergie und Terrorabwehr sowie Meldewesen und Schutz deutschen Kulturgutes gegen Abwanderung ins Ausland sind Angelegenheiten des Bundes. Mehr Rechte erhält der Bund im Umweltbereich.
Die Handlungsfähigkeit des Bundes soll dadurch gestärkt werden, dass er mehr Zuständigkeiten in der Abfallwirtschaft bekommt. Im Bereich Bildung behält der Bund zwar das Recht, Regelungen zu Zulassung und Abschlüssen zu beschließen. Davon können die Länder aber abweichen. Hochschulbau und Schulen sind künftig reine Länderangelegenheiten. Die Kritik an der Föderalismusreform richtete sich v.a. gegen die Verlagerung der Kompetenzen für den Strafvollzug in die Hand der Länder. Dadurch würde der Vollzug je nach Land unterschiedlich gehandhabt. Hinsichtlich der Regelung beim öffentlichen Dienstrecht würden v.a. die finanzschwachen Länder benachteiligt. Beim Umweltrecht reiche eine Herausnahme der Abfallwirtschaft nicht aus, es drohe eine "Zerfledderung".